En Junta de 28 de diciembre de 1848 se acordó fundir la Sección Segunda (Ciencias Naturales) y la Sección Tercera (Ciencias Matemáticas y Físicas) en una sola. Se modificó el artículo 3º de los estatutos, quedando en los términos siguientes:
“Art. 3º. El Ateneo se divide en tres secciones. 1ª de Ciencias morales y políticas. 2ª de Ciencias naturales, físicas y matemáticas. Y 3ª de Literatura y bellas artes. Todos los socios pertenecerán a una de ellas cuando menos”.

La Sección de "Ciencias Naturales, Físicas y Matemáticas" continuó con esta denominación en el texto de todos los Reglamentos del Ateneo hasta el de 1932. Sin embargo ya desde la década de 1880 en las notas de prensa se la denomina "Sección de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales"

Fundada en Granada por el barítono italiano Giorgio Ronconi (Real Orden de 13 de abril de 1861). Dejó de existir en 1864.

La Comisión de Biblioteca se menciona por primera vez en el Reglamento del Ateneo de Madrid publicado en 1884, artículo 77:

“La Biblioteca y los gabinetes de lectura están bajo la inspección inmediata del Socio Bibliotecario, al cual auxiliará, para su desarrollo y mejoramiento, una Comisión de cuatro Socios, designada por la Junta de gobierno, y por él presidida, debiendo ser objeto preferente de atención la continuación del índice y del Catálogo”.

Se conserva el mismo texto en el artículo 80 de los reglamentos de 1900 (publicado en 1903) y de 1932. El reglamento de 1984 reproduce el artículo 80 en los mismos términos, añadiendo al final el siguiente texto: “El nombramiento de dicha Comisión habrá de ser ratificado en Junta General”.

Entidad creada por Real Decreto de 25 de octubre de 1838, bajo el impulso de Joaquín Vizcaíno, marqués viudo de Pontejos

Academia Alemana-Española: fundada en 1840 por Julio Kühn, que después sería el primer catedrático de Alemán de la Universidad Central de Madrid.

Desde 1835 se elijen todos los cargos anualmente en junta de 31 de diciembre para ejercer durante el año natural siguiente. Los cargos son: un presidente, dos consiliarios, dos secretarios, un bibliotecario, un contador y un depositario. El cargo de depositario es trienal.
Desde los Estatutos aprobados en 1/03/1850 la Junta de Gobierno se renueva por mitad todos los años, siendo la duración de cada cargo de dos años. Desde el Reglamento aprobado en Junta de 28/12/1875 se crean los cargos de vicepresidente y secretario 3º, continúa la renovación anual por mitades a excepción del presidente que se elegirá todos los años.
Desde el Reglamento aprobado en Junta de 29/10/1884, "la Junta de gobierno se compone de un Presidente, dos Vicepresidentes, dos Vocales, un Bibliotecario, un Contador, un Depositario y tres Secretarios, elegidos por la Junta general entre los Socios de número ó de mérito que tengan por lo menos un año de antigüedad en el Ateneo. La duración de los cargos de la Junta de gobierno será de dos años, pudiendo ser confirmados por reelección todos sus individuos. La renovación se hará anualmente por mitades, formándose á este efecto dos grupos; el primero, del Presidente, Vicepresidente 2.°, Vocal 2 °, Bibliotecario, Depositario y Secretario 1.º; el segundo, del Vicepresidente 1.°, Vocal 1.°, Contador y Secretarios 2.° y 3.°".
Desde el Reglamento de 1884 la elección de cargos para la Junta de Gobierno se verificará en la segunda quincena del mes de junio, para ejercer durante el curso académico siguiente.

Sección creada en el Ateneo en 1884. Las primeras elecciones fueron el 12/04/1884.
El nuevo Reglamento del Ateneo de 1884 ya establece la Sección de Ciencias Históricas.
Desde el Reglamento de 1884 la elección de cargos para las mesas de Secciones se verificará en la primera quincena del mes de junio para ejercer durante el curso académico siguiente.

Se denomina también Primera Sección. Desde 1835 los cargos de Secciones son presidente, vicepresidente y dos secretarios, elegidos anualmente a final de año para ejercer durante el año natural siguiente. Desde el Reglamento de 1876 tienen cuatro secretarios y los cargos se eligen anualmente en el mes de junio. En 1876 hubo un primer proceso electoral para enero-junio y el 26 de junio el proceso reglamentario para el curso 1876-1877.
Desde el Reglamento de 1884 la elección de cargos para las mesas de Secciones se verificará en la primera quincena del mes de junio para ejercer durante el curso académico siguiente.